Son diversos los factores que han causado impactos negativos al humedal de Córdoba, muchos están siendo mitigados y otros todavía afectan su equilibrio ecológico y su biodiversidad. El más relevante por su afectación tanto a la vida animal y vegetal, como hacia al ser humano, es la contaminación del agua, principal problemática generada por el crecimiento urbano y la falta de control de la autoridad ambiental SDA y por el mal manejo del operador del sistema pluvial de la ciudad, la EAAB.
Déficit hídrico
El desarrollo de la ciudad terminó por desconectar al humedal de Córdoba del sistema de quebradas provenientes de los cerros orientales que lo alimentaban constantemente. Son más de 20 nacimientos que actualmente confluyen al sistema de canales contaminados y se pierden entre las aguas servidas que por ellos corre. Esta situación y los jarillones en tierra que separan al humedal de los canales generan déficit hídrico, especialmente, en época de verano lo cual, sumado a la contaminación aceleran el problema de sedimentación y colmatación de la zona pantanosa. El humedal depende de los períodos de lluvia para mantener su régimen hídrico e, irónicamente, de los colectores pluviales contaminados por conexiones erradas que le llegan de los barrios vecinos.
Sector dos en el año 2006, muy sedimentado y con agua entre las plantas.
La misma zona de la foto anterior, en el sector dos ya recuperado, trece años después.
De allí la importancia de proveer un caudal ecológico que ayude a potenciar las zonas mejor preservadas y garantice un suministro de agua de buena calidad durante todo el año. Este objetivo se logró consolidar y ejecutar con el Documento de Concertación derivado de la Acción Popular Nº 00254.
El déficit hídrico del cual ha sufrido el humedal por décadas, ha presentado una importante disminución en los últimos cinco años. Por ejemplo en el sector dos, gracias a las obras de recuperación de hábitat acuático terminadas a finales del año 2015, se retiraron 22.000 toneladas de sedimentos en alrededor de 1.5 hectáreas que ahora son espejo de agua y que al sumarse a las que ya habían, hicieron de está zona la que mayor volumen de agua almacena y en la que, además, por efecto del agua del caudal ecológico, en veranos fuertes nunca se seca.
